לאחר בחירת ברק לראשות הממשלה, עלו חשדות כי העמותות שפעלו לבחירתו פעלו באופן לא חוקי, על ידי עקיפת חוק מימון מפלגות. הרצוג נחשד כי סייע לדבר, כאשר תיוון בין תורמים פוטנציאלים לעמותות לפני הבחירות.
בינואר 2000 פירסם מבקר המדינה דו"ח בנושא שמתח ביקורת קשה על הפרשה, והעביר חלק מממצאיו לחקירת משטרה. חקירת העמותות עדיין נמצאת בחקירה.
בחודש פברואר הוגשה עתירה לבג"ץ בדרישה לפטר את הרצוג, על רקע מעורבותו בפרשה. העתירה נדחתה.