בשנים 1948-1950 שירת פרס כראש שירותי הים של צה"ל. בשנת 1949 מונה לתפקיד ראש משלחת משרד הביטחון לארה"ב, שעסקה ברכש נשק. ב-1952 שב לארץ, ומונה לסמנכ"ל משרד הביטחון. בשנת 1953 מונה למנכ"ל המשרד.
בתפקיד זה קידם את הקמת הכור האטומי בדימונה ופיתוח התעשייה האווירית.