חתאמי נבחר לנשיא ב-3 לאוגוסט 1997 אולם בפועל כוחו כנשיא הינו מצומצם ביותר.
כנשיא הוא האישיות השניה בחשיבותה באירן,המנהיג הרוחני,האייתולה עלי חמינאי,הינו בעל המילה האחרונה בכל ענייני המדינה.
יחסי העבודה בין השניים אינם יחסים של שיתוף ותוכניות הרפורמה של חתאמי מסוכלות תדיר על ידי חמינאי.