בחירות נובמבר 1951 היוו נקודת מפנה בפוליטיקה הארגנטינאית; לראשונה בתולדות ארגנטינה, ניתנה זכות ההצבעה לנשים. מאבקיה הפמיניסטים של אוויטה, לא זו בלבד שקידמו מעמד הנשים, אלא שאף הציבו מעמד זה מאחורי פרון ומפלגתו.
אוויטה הגישה מועמדותה למשרת סגנות הנשיא, אך בתוך כשבוע, ככל הנראה נוכח לחצים מצד אישים צבאיים רמי מעלה ומחלת הסרטן ממנה סבלה, חזרה בה ממועמדותה.
בבואנוס איירס נפוצו שמועות אודות מחלתה של אוויטה, אולם הממשל מיהר להכחיש.
ערב הבחירות לנשיאות, נותחה אוויטה להסרת הגידול הסרטני. הניתוח נכשל ומצבה הבריאותי המשיך להתרופף.
ב- 11 בנובמבר נבחר חואן שנית, לאחר שבוטל האיסור החוקתי על הכהונה השנייה.
מן הכהונה השנייה לא הספיקה אוויטה להנות; ב- 4 ביוני התמוטטה מול רבבות אוהדיה במהלך טקס הכתרת בעלה ובתוך פחות משבועיים נכנסה לתרדמת, עד שנפטרה ב- 26 ביוני 1952.