גיי'מס השישי נולד בשנת 1566 במצודת אדינבורו למרי מלכת אנגליה ולבעלה הלורד דאנלי.
בהיותו בן שמונ חודשים נהרג אביו בפיצוץ שהיה בביתם.
ביולי 1567 נאלצה אימו המלכה מרי לוותר על כסאה ובעקבות כך הפך בנה, גיימס למלך סקוטלנד בהיותו בן שנה.
במאי 1568 עזבה אימו את ביתם ולא שבה לראות את בנה עוד לעולם. היא הוצאה להורג ע"י אליזבת מלכת אנגליה בשנת 1587 לאחר שנחשדה כי זממה לרצחה כדי לתפוס את מקומה.
חילוקי הדעות בין הפרוטסטנאטים לקאתולים היו אז בשיאם. מאבק זה החל בשנת 1560 אז החליט הפרלמנט הסקוטי לבטל את סמכות האיפיור לעניני דת בסקוטלנד, ולייסד כניסה חדשה: הכנסיה הפרוטסטאנטית של סקוטלנד. בשנת 1561 עלתה לשלטון אימו של ג'יימס, מרי לבית סטיוארט שהיתה קאתולית אדוקה והעם נחלק לשניים: הקאתולים מול הפרוטסטאנטים. מרד שפרץ בעם הדיח את מרי מכסאה והושיב בה את בנה הפעוט, ג'יימס.
למלך הצעיר היתה ילדות קשה למרות החינוך ותנאי החיים המעולים שבהם חי. אצילים סקוטים רבים רבו מי יהיה האפוטרופוס שלו, כיוון שאפוטרופוסות על המלך משמעה שליטה בשמו במדינה.
הוא חי עם אצילים שונים, חלקם קאתולים וחלקם פרוטסטאנטים ,במקומות שונים ברחבי הממלכה, עד שנמלט בשנת 1582 לאחר שנחטף ע"י פרוטסטאנטים והחל למלוך בעצמו על סקוטלנד.