בשנת 1789 פורצת המהפכה הצרפתית. ההזדמנות הגדולה של נפוליאון מגיעה בשנת 1793 כאשר הוא מקבל את הפיקוד על הארטילריה בטולון, הבסיס הימי הגדול ביותר בדרום צרפת.
הוא הודף את פלישת האנגלים והספרדים ומועלה לדרגת גנרל.
בשנת 1795 הוא מדכה מרד נגד הממשלה ומקבל את הפיקוד על צבא צרפת.
ב-1796 נישא לג'וזפין בוהארנה.
באותו זמן יוצא נפליאון לפקד על הצבא באיטליה שנלחם באוסטרים. צבאו של נפוליאון מנצח את האוסטרים ופולש וארצם. שם מאלץ אותם נפוליאון לקבל את הסכם "קאמפו פורמיו" שלפיה צרפת מקבלת את השטחים שעד הנהר ריין ושליטה על בלגיה.
בתקופה זו הפך למפקד נערץ ודמות ידועה באזור כולו.