ב-1965 התפטר פרס ממשרד הבטחון ופרש יחד עם דוד בן-גוריון ממפא"י לשם הקמת רפ"י. פרס נבחר למזכ"ל התנועה החדשה. לאחר שנתיים, ערב מלחמת ששת הימים, יזם את חזרתה של רפ"י למפא"י ואיחודה עם תנועת העבודה. לתפקיד מזכ"ל התנועה נבחרה גולדה מאיר, ופרס מונה כסגנה. בשנת 1969 התאחדו מפלגת העבודה ומפ"ם למפלגת "המערך".