לאחר שהנשיא עזר ויצמן הודיע במאי 2000 על כוונתו לפרוש מכהונתו, הוצע פרס כמועמד "ישראל אחת" לתפקיד. מולו התמודד על התפקיד משה קצב מטעם הליכוד. הפרשנויות הפוליטיות ניבאו לפרס ניצחון מוחץ, אולם בהצבעה מפתיעה בכנסת זכה קצב, בהפרש של שלושה קולות. על פי הערכות, קולות ש"ס הם שהכניסו את קצב למשכן הנשיא.
באוגוסט 2000 מונה קצב לנשיא השמיני של מדינת ישראל. פרס לא נכח בטקס ההשבעה.