יצחק מרדכי נולד ב-1944 בכורדיסטן, בכור משבעה ילדים. בהיותו בן חמש עלה ארצה. המשפחה נקלטה במעברה ומאוחר יותר התגוררה במושב שדה תרומות. אביו, שבעירק השתייך למחתרת הציונית, החל לעבוד בקליטת עלייה בסוכנות. בתקופת לימודיו בתיכון חלה אביו והפסיק לעבוד. המשפחה עברה לטבריה ומרדכי עבר ללמוד לימודים אקסטרניים על מנת שיוכל לסייע בפרנסת המשפחה.