במלחמת ששת הימים לחם כמפקד יחידת הצנחנים בסיני, תחת מפקד חטיבת הצנחנים רפול. במלחמת ההתשה, בהיותו סגן מפקד גדוד צנחנים, לחם בחזית התעלה והבקעה.
במלחמת יום כיפור פיקד על גדוד הצנחנים 890. מלחמה זו נחשבת לנקודת המפנה בקריירה הצבאית של מרדכי ועל לחימתו בקרב החווה הסינית אף קיבל את עיטור העוז. לאחר המלחמה נשלח לבית הספר לפיקוד ומטה בקימברלי, אנגליה. כשחזר התקדם במהירות בסולם הדרגות.