ב-1976, בהיתו בן 32, מונה למפקד חטיבה סדירה. במבצע ליטני פיקד על חטיבת הגזרה המרכזית בלבנון. בגיל 36, בזמן מלחמת לבנון, פיקד על עוצבת הגליל, שכבשה את צור, צידון ומערב ביירות.
בשנים 1983-1986 כיהן כקצין צנחנים וחי"ר ראשי. בתפקיד זה פיקד על מבצע משה להעלאת יהודי אתיופיה, ועל חילוץ נוסעי אוטובוס קו 300, שמחבלים השתלטו עליו ורצחו אחת מיושביו. מרדכי הואשם בהריגת אחד המחבלים, אך נוקה מאשמה זו כשהתברר כי אנשי השב"כ היו אחראים למותו. פרשה זו זכתה לכינוי "פרשת קו 300".