בחודש אפריל 1984 חטפה חוליית מחבלים אוטובוס קו 300 של אגד לאשקלון, ובו נוסעים רבים. לאחר שצה"ל השתלט על האוטובוס חקר מרדכי, שפיקד על פעולת ההשתלטות, את שני המחבלים שנותרו בחיים והעבירם לידי השב"כ. השניים מתו במהלך חקירת השב"כ. כשנחשפה הפרשה טענו אנשי השב"כ כי המחבלים הגיעו לידיהם מתים ובכך האשימו למעשה את מרדכי במותם.
רק לאחר 16 חודשים קבעה וועדה רשמית כי המחבלים מצאו את מותם בידי אנשי השב"כ, ומרדכי טוהר.