לאחר זיכויו מפרשת קו 300 נסללה הדרך לקידומו של מרדכי לדרגת אלוף.
ב-1986 הועלה לדרגת אלוף ומונה לראש מחלקת ההדרכה במטכ"ל.
באוגוסט אותה שנה מונה לאלוף פיקוד דרום. במשך האינתיפאדה פיקד על כוחות צה"ל בעזה והדרום, ועל מבצע שחרור החטופים באוטובוס האמהות בצומת ערוער. בהתקפה ביולי 1988 השתלטו שלושה מחבלים על אוטובוס שנשא עובדים במתקן הגרעיני בדימונה. לאחר ההשתלטות על האוטובוס נהרגו שלושת המחבלים ושלושה נוסעים.
באוגוסט 1989 מונה לאלוף פיקוד מרכז על ידי שר הביטחון רבין ובניגוד לדעת הרמטכ"ל דן שומרון.
באפריל 1991 מונה לאלוף פיקוד צפון.