במהלך כהונתו כשר הידרדרו יחסיו של מרדכי עם ראש הממשלה נתניהו, עד כדי נתק וחוסר אמון מוחלטים. ב-22 בינואר 1999, היום האחרון להגשת מועמדות לרשימת הליכוד לכנסת ה-14 התברר כי מרדכי לא הגיש את מועמדותו. למחרת פיטר בינימין נתניהו את מרדכי, במהלך שידור טלוויזיוני. משה מונה במקומו לתפקיד.