יומיים לפני הבחירות, ולאור הביקורת שהושמע נגדו כי יגרום לסיבוב שני בבחירות ויגזול קולות ממועמד השמאל אהוד ברק, הודיע מרדכי כי הוא פורש מהמירוץ לראשות הממשלה וממליץ לתומכיו להצביע למען ברק ומפלגת המרכז.
עם כינון ממשלת ברק הוא ממונה לשר התחבורה וסגן ראש הממשלה.