במרץ 2000 פתחה משטרת ישראל בחקירה נגד יצחק מרדכי, לאחר שעובדת לשכתו התלוננה כי הטריד אותה מינית וניסה לבצע בה מעשה מגונה. במהלך החקירה התגלו תלונות של נשים נוספות שעבדו עם מרדכי במהלך שירותו הצבאי, והתלוננו אף הן על מעשים מגונים והטרדות מיניות.
בחודש מאי 2000 הוגש נגד מרדכי כתב אישום בסעיפי מעשה מגונה בנסיבות מחמירות, מעשה מגונה והטרדה מינית.
בחודש יולי התפטר מרדכי מהממשלה עקב הגשת כתב האישום נגדו. בחודש נובמבר נפתח משפטו בבית המשפט השלום בירושלים. מרדכי כפר בכתב ההגנה באישומים נגדו.