במלחמת העצמאות שרון פיקד על מחלקה בחטיבת אלכסנדרוני ונפצע בקרב על לטרון. בשנת 1949 מונה למפקד סיירת גולני, ובשנת 1951 לקצין מודיעין פיקודי של פיקוד המרכז.