בין השנים 1954-1955 פיקד על גדוד צנחנים. בשנת 1956 מונה שרון למפקד חטיבת הצנחנים. במסגרת תפקידו עיצב עקרונות לחימה שליוו את החטיבה שנים רבות ולחם במבצע קדש. לאחר המבצע התעוררו חילוקי דעות לגבי תפקודו בקרב במיתלה, שגבה חללים רבים, בעקבותם הוקפא קידומו למספר שנים על ידי הרמטכ"לים חיים לסקוב וצבי צור. בשנת 1957 יצא לקורס פיקוד ומטה במכללה הצבאית הבריטית.
בין השנים 1958-1962 פיקד על חטיבת חי"ר ועל בית הספר לחי"ר.
כשמונה יצחק רבין לרמטכ"ל ב-1964, תמך בקידומו של שרון. בין השנים 1964-1965 כיהן כראש מטה פיקוד צפון. בשנת 1966 הוענקה לשרון דרגת אלוף והוא מונה לראש מחלקת הדרכה בצה"ל.