ויליאם ג'פרסון בליית' השלישי נולד בעיירה הופ בארקנסו ב-19 באוגוסט 1946. אביו נהרג בתאונת דרכים שלושה חודשים לפני שנולד. לאחר לידתו עברה אימו, וירג'יניה קסידי בליית' לניו אורלינס, ולמדה סיעוד. קלינטון הצעיר נשאר בינתיים אצל סבו וסבתו. כשחזרה, אומץ על ידי אביו החורג, רוג'ר קלינטון. ב-1956 נולד אחיו החורג, רוג'ר קלינטון ג'וניור.
בילדותו היה פעיל בכנסייה ובארגון אירועי צדקה. הוא היה תלמיד מצטיין וזכה למלגות רבות.