עם הקמת ממשלת נתניהו מונה לוי לשר האנרגיה. נתניהו מינה את לוי במרוצת כהונתו גם לשר התחבורה, שר הדתות ושר החינוך.
עם כינון ממשלת ברק ביולי 1999 מונה לוי לשר הבינוי והשיכון. לאחר שנה פרשה מפלגת המפד"ל מהממשלה, במחאה על המשא ומתן עם הפלסטינים ופסגת קמפ דיוויד.