הרצל נולד בשנת 1860 בבודפשט להורים משכילים הנוטים להשכלה הגרמנית. הם ביקשו שבנם ירכוש את התרבות הגרמנית והיו רחוקים מיהדותם.
הרצל למד בבית ספר עממי בבודפשט ובבית ספר תיכון ריאלי.
בגיל 18 מתה עליו אחותו פאולינה והוריו החליטו לעזוב את בודפסט לטובת וינה בירת אוסטרו הונגריה. בוינה התקבל הרצל ללימודי משפטים, בשנת 1884 קיבל תואר ד"ר למשפטים.
באוניברסיטה הוא פגש בפעם הראשונה בחייו בתופעות אנטישמיות בוטות. בשעורים של ההיסטוריון והפילוסוף היינריך טריטשקה לדוגמה, הוא שמע על נחיתותם של העמים השמים, או באזכרה למלחין ריכרד ואנר הוא שמע קריאות אנטישמיות שהופנו גם נגדו. לאות מחאה הוא עזב את אגודת הסטודנטים אלביה, שבה היה חבר, ואשר הייתה אחראית לארגון העצרת למען ואגנר.