בשלושה בנובמבר 1992 נבחר קלינטון לנשיא ה-42 של ארה"ב, והושבע לתפקיד ב-20 בינואר 1993. ב-1996 התמודד לכהונה שנייה של הנשיאות מול המועמד הרפובליקני בוב דול, וזכה.
תקופת נשיאותו הצטיינה בפריחה כלכלית יוצאת דופן, ופעילות נמרצת בתחומי החינוך, הרווחה והבריאות. אולם על כל אלה העיבו השערוריות הרבות שבהן נקשר שמו, החל מפרשת וייטווטר, בה נחשד בעבירות הונאה, ועד פרשות המין שצצו כפטריות אחרי הגשם.