ב-1947 נשלח יוסף כדיין למצרים, שם נבחר לכהן כרב הראשי של קהיר וכסגן הרב הראשי במצרים. תוך זמן קצר הפך למנהיג הרוחני של יהדות מצרים. הוא כיהן בתפקיד זה עד 1950.