במאי 1996 פרשה שולמית אלוני מראשות מרצ, ושריד מונה במקומה לראשות המפלגה.
בשנים 1996-1999 כיהן בכנסת כחבר בוועדת חוץ וביטחון וועדת העליה והקליטה.
ב-1999 מונה לשר החינוך בממשלת ברק. כהונתו לוותה בחיכוכים בלתי פוסקים עם ש"ס, על רקע המימון לרשת החינוך התורנית שלה. שריד דרש פיקוח חיצוני על הרשת, ואילו ש"ס טענה כי שריד מפלה את תלמידיה. לאחר שנה של מאבקים פולטיים התפטרו שרי מרצ מהממשלה.