ב-1992 נבחר שלמה בניזרי לכנסת מטעם מטעם ש"ס.
בין השנים 1996-1999, בממשלת נתניהו, כיהן כסגנם של שרי הבריאות, צחי הנגבי ויהושע מצא.
בשנת 1999 מונה לשר הבריאות בממשלת ברק. ב-9 ביולי 2000, ערב פסגת קמפ דיוויד, הודיעו שרי ש"ס על פרישתם מהממשלה על רקע חילוקי דיעות מדיניים עם ראש הממשלה.
במרץ 2001 מונה לשר העבודה הרווחה בממשלת שרון.