מאז 1997 מכהנת נאוה ברק כנשיאת המרכז לרפואת נשים ונשיאת עמותת הידידים של המרכז הרפואי רבין. בשנים 1997 הצטרפה לעמותת על"ם לסיוע לבני נוער במצוקה.