הרב יוסף נודע בהתבטאויותיו השנויות במחלוקת, בעיקר בנוגע למערכת המשפט ומנהיגי השמאל. לאחר שבית המשפט העליון גזר על אריה דרעי שלוש שנות מאסר אמר יוסף כי השופטים "שוטים, ארורים ורשעים". בפעם אחרת כינה את שופטי בית המשפט העליון "בועלי נידות". על מנהיג מרצ יוסי שריד אמר כי הוא "שטן וצריך למחוק אותו כמו עמלק". את ראש הממשלה ברק כינה יוסף "שקרן". בהתבטאות מפורסמת אמר כי הנספים בשואה היו גלגולי נשמות של יהודים שחטאו.
יוסף זכה לביקורת נוקבת מצד בית המשפט על התבטאויות אלו, ושופט בית המשפט העליון מישאל חשין אמר כי דבריו מזכירים "דברי תגרנית בשוק".