לאחר נצחונה של מפלגת העבודה בבחירות 1992 פרש שמיר מהנהגת הליכוד ובמרץ 1993 הוחלף על ידי בנימין נתניהו, אך נשאר כחבר כנסת עד 1996.
לפני בחירות 1999 פרש שמיר מהליכוד כמחאה על התנהלותו של מנהיג התנועה בנימין נתניהו, והצטרף לתנועת חירות בהנהגת בנימין בגין. הוא הוצב במקום ה-120 ברשימת "האיחוד הלאומי" לכנסת בבחירות 1999.
בשנת 2000 התפקד שמיר שוב לליכוד, אך אינו מקיים פעילות פוליטית.