במאי 2000, בעיצומה של החקירה נגדו, התגרש מרדכי מאשתו השנייה כוכי, לאחר שנתיים וחצי של נישואים. כוכי מרדכי הכחישה כל קשר בין הגירושין לבין חקירת בעלה. לשניים בן, יובל.