עם כינון ממשלת נתניהו ביולי 1996 מונה לשר הפנים מטעם ש"ס, בלי שנבחר לכנסת.
חודש מאוחר יותר מונה גם לתפקיד שר הדתות לתקופה של שנה, (לאחר מכן מונה נציג המפד"ל לתפקיד הזה). בספטמבר 1998 חזר למשרד הדתות.
בבחירות 1999 נבחר לכנסת מטעם ש"ס ומונה לשר התשתיות הלאומיות. ביוני 2000 התפטרו כל שרי ש"ס מהממשלה, עקב חילוקי דיעות מדיניים עם ראש הממשלה ערב פסגת קמפ דיוויד, וסויסה עזב את משרד התשתיות.
במרץ 2001 מונה לשר בלי תיק, האחראי לעניני ירושלים, בממשלת שרון.