ערפאת נישא לסוהא טאוויל, הצעירה ממנו ב-34 שנה, בתוניס ב-1990. רבים ראו בחתונה אקט פוליטי - הוריה של סוהא הם מהאליטות הנוצריות של החברה הפלסטינית. ב-1995 נולדה לזוג הבת זהווה.