מאז 1916 ועד 1939 שימש כשופט בית המשפט העליון ובלט בדעותיו הליברליות. במקביל המשיך לפעול בהסתדרות הציונית כאחד ממנהיגיה הבולטים של הציונות האמריקנית וההסתדרות הציונית. פעל ב-1917 אצל הנשיא וודרו ווילסון כדי לשכנעו לנקוט עמדה חיובית כלפי פרסום הצהרת בלפור. סייע ב-1917 להקמת הגדודים העבריים וארגון קבוצת עזרה מדיצינית הדסה. ב-1919 ביקר בארצישראל ונקט עמדות עצמאיות מאלה שנקט מנהיג ההסתדרות הציונית, חיים וייצמן. לאחר שמונה ב-1920 לנשיא כבוד של ההסתדרות הציונית העולמית, החל מאבק בין וייצמן לברנדייס, שבסופו ניצח וייצמן וברנדייס התפטר מההנהלה הציונית. יחד עם זאת הוא המשיך לתמוך בעקביות בתנועה הציונית ןמאז 1930 הוא החל לפעול שוב בהנהגת התנועה ופעל לשיבתם של תומכיו להנהלה הציונית האמריקנית.