בבחירתו של לינקולן ראו שבעת מדינות דרום ארצות הברית משום איום לקיומן והם פרשו מאיחוד המדינות של ארצות הברית, הודיעו על עצמאותן והעמידו בראשם את ג'פרסון דייוויס. 23 המדינות שנשארו ובראשם לינקולן ראו בפרישה משום עילה למלחמה, ולאחר שהציבו אולטימטום הם יצאו במאבק צבאי, שנמשך ארבע שנים. במלחמה עקובה מדם השתתפו ארבעה מיליון חיילים משני הצדדים ונהרגו בה 600 אלף איש. לצבא הצפון, שעמד תחת פיקוד לינקולן, והרמטכ"ל יוליסס גראנט, שלחם בצבאות הדרומיים בהנהגת הגנרל לי, היה ייתרון כלכלי וצבאי שהביא לבסוף לנצחונו. הנצחון הביא מחדש לאיחוד מדינות ארצות הברית ולביטול העבדות - העילה למלחמת האזרחים- ואולם לינקולן נרצח ולא זכה לראות ביישום מטרותיו. מנהיגותו של לינקולן, מוסריותו, התנהגותו כאדם וכמדינאי, העמידו אותו כאחד מגדולי האישים בארצות הברית ובעולם כולו.