עם כינון ממשלת נתניהו ביולי 1996 מונה הנגבי לשר הבריאות, אולם כאשר שר המשפטים יעקב נאמן פרש מתפקידו, מונה למחליפו והתפטר ממשרד הבריאות. הנגבי כיהן בתפקיד שר המשפטים עד כינון ממשלת ברק ביוני 1999.
במרץ 2001 מונה לשר לאיכות הסביבה בממשלת שרון.
פעילות בממשלה
