ב-1997 פורסם תחקיר בעיתון "הארץ", לפיו הנגבי קיבל מעמותת "דרך צלחה", אותה הקים כדי לקדם חקיקה בעניין המלחמה בתאונות הדרכים, הטבות כספיות שונות. למעשה הואשם כי השתמש בכספי העמותה לצרכיו הפרטיים. המשטרה המליצה להעמיד לדין את הנגבי בגין שוחד, מירמה והפרת אמונים.
בתום הליך ארוך הפרקליטות, לו זכה הנגבי להליך שימוע, הוחלט להעמיד אותו לדין על עבירות המרמה והפרת האמונים בלבד.
במרץ 2001 החליט היועץ המשפטי לממשלה, אליקים רובינשטיין, לא להגיש כתב אישום נגד הנגבי בפרשה, זאת מחוסר ראיות ומחוסר יכולת להוכיח אשמה.
צעד זה של רובינשטיין פורסם ימים אחדים לפני כינון ממשלת שרון וסלל את דרכו של הנגיב למינוי השר לאיכות הסביבה. בשל כך הועלו השערות שונות לגבי מניעיו של רובינשטיין בעיתוי סגירת התיק.