במרץ 2001 הרשיע בית משפט השלום בירושלים את מרדכי בביצוע מעשים מגונים בשתיים מהמתלוננות: א', שהיתה פקידה של מרדכי כשכיהן באלוף פיקוד צפון ונ', פעילה פוליטית במטהו של מרדכי. הוא זוכה מביצוע מעשים מגונים בכוח והטרדה מינית של מזכירתו במשרד התחבורה. הוא הורשע ב-18 חודשי מאסר על תנאי ונקבע כי העבירות נושאות קלון - המשמעות היא כי מרדכי לא יוכל עוד לכהן כשר.