מרדכי בוגר בית הספר לפיקוד מוטה בצה"ל ובית הספר לפיקוד ומטה בקיימברידג', אנגליה. למרדכי תואר ראשון בהיסטוירה מאוניברסיטת תל-אביב ותואר שני במדעי המדינה מאוניברסיטת חיפה. מרדכי החל בלימודי יהדות באוניברסיטת בר-אילן ולימודי משפטים במכללה בהצרליה.