נהרי נבחר במאי 1999 לכנסת מטעם ש"ס. הוא חבר בוועדת הכנסת, הוועדה לעניני ביקורת המדינה וועדת חוקה, חוק ומשפט.
באוגוסט 1999 מונה לתפקיד סגן שר החינוך, וכיהן בתפקיד עד יולי 2000, בו פרשה ש"ס מהקואליציה.
עם כינון ממשלת שרון, במרץ 2001, מונה נהרי שוב לסגן שר החינוך.