במהלך כהונתו בממשלתו של וושינגטון הוא ביקש לערוך רפורמות חוקתיות בהתאם להשקפת עולמו הדמוקרטית המכירה בזכותו של כל אדם להביע דיעה בענייני מדיניות או בכל עניין אחר.ואולם הוא נתקל בהתנגדותו של אלכסנדר המילטון, ששרת אף הוא בממשלה והיה בעל השפעה גדולה על וושינגטון. המילטון התנגד נחרצות לרעיונותיו של ג'פרסון והעדיף שלטון אריסטוקרטי של בעלי השכלה וממון. משלא יכלו להגיע להסכמה, התפטר ג'פרסון מכהונתו. ב-1796 מונה לתפקיד סגן נשיא וב-1800 נבחר כנשיא השלישי של ארצות הברית. במהלך כהונתו, הראשונה והשנייה הוא הכניס שינויים מרחיקי לכת באורחות השלטון וביקש להוכיח כי הממשל מייצג את כלל העם האמריקני ולא פלג או חלק מהחברה. הכיר בחשיבות התפשטותה של ארצות הברית מערבה ורכש מצרפת ב-1803 את לואיזיאנה. לאחר שפרש מהנשיאות היה פעיל בייסוד האוניברסיטה של וירג'יניה.