נולד בפריס תחת השם שרל לואי נפוליאון. אביו, לואי בונפרטה, אחיו של הקיסר נפוליאון בונפרטה, נאלץ לברוח מצרפת יחד עם בני משפחתו בעקבות מפלות אחיו. המשפחה נדדה בין שוויץ, איטליה וגרמניה וכתוצאה מכך הוענק לנפוליאון השלישי חינוך לא סדיר. לאחר מותו של אחיו ב-1830 ושל דודו שנה אחר כך, הוא הפך לתקוותם של המלוכנים, הבונפרטיסטים וחוגים שונים בבורגנות, להחזרת המלוכה או הקיסרות לצרפת. ההזדמנות נתנה להם ב-1848 בפרוץ מהפכת "אביב העמים" בצרפת וברחבי אירופה. נפוליאון מונה לנשיא הרפובליקה הצרפתית השנייה.