אחינועם ניני נולדה בישראל. אביה הוא ד"ר לכימיה ואמה מורה. בגיל שנה עברה עם משפחתה לניו-יורק לצורך לימודי הדוקרטורט של אביה. כילדה צעירה נשלחה לבי"ס דתי, וכמה שנים מאוחר יותר נרשמה לביה"ס לאמנויות הבמה. ביקור שערכה בישראל בגיל 15 עורר בה רצון לחזור, ושנה מאוחר יותר שבה לארץ לבדה.