בשנים 1992-1996 כיהן כמזכ"ל מפלגת העבודה.
זוילי נבחר ב-1992 לכנסת מטעם מפלגת העבודה. בכנסת ה-13 כיהן כחבר בוועדת חוץ וביטחון.
בשנים 1996-1999 כיהן כחבר בוועדת חוץ וביטחון, הוועדה לעניני ביקורת המדינה והוועדה למאבק בנגע הסמים.
בכנסת ה-14 עבר זוילי לסיעת "ישראל במרכז".