ב-1965 פרש ממפא"י על רקע דרישתו להקים ועדת חקירה בפרשת "עסק הביש". הוא הצטרף למספר פורשים ממפא"י למפלגה חדשה רפ"י (רשימת פועלי ישראל).
ב-1969 התאחדה רפ"י עם מפא"י להקמת המערך. בן גוריון פרש מרפ"י והקים את מפלגת "הרשימה הממלכתית". הוא המשיך לכהן כחבר כנסת עד 1971.