נולד בעיר וורבאו, סלובקיה שבאמפריה האוסטרו הונגרית. קיבל חינוך תורני בחדר ובישיבתו של הרב אברהם שמואל בניימין סופר ("הכתב סופר") ובלט כגאון בתורה. לאחר נישואיו התקרב לרב אברהם שאג (צוובנר), ומשזה עלה לארץ-ישראל ב-1873 הוא הצטרף אליו והתיישב בירושלים. מאז 1877 הפך למקורבו של הרב דיסקין שהיה ידוע בקנאותו לכל שינויי בחיי היהודים בירושלים והתנגדותו ליישוב החדש. יחד עם זאת בלט דווקא הרב זוננפלד במתינותו היחסית בקרב בני חוגו של דיסקין. החל לבלוט מאוד בקרב בני היישוב הישן ונחשב בקרבם כאישיות המוכנה לעקל פשרות שנכפו על ידי היישוב החדש או על ידי רבנים כרב קוק. ואולם יחד עם זאת, החזיק זוננפלד בדעותיו האנטי ציוניות הקיצוניות. לאחר הצהרת בלפור, שבה הוא ראה סכנה קיומית ליישוב הישן בירושלים הפך למנהיגה של העדה האשכנזית בירושלים וב-1919 מינו אותו ראשי "ועד העיר האשכנזי" לרבם.