לאחר בריחתו הצטרף לתקופה קצרה לממשל וישי, ששיתף פעולה עם הנאצים עובדה שהתפרסמה רק ב-1994. בממשל היה אחראי על נושא שבויי המלחמה. חוקרי התקופה טוענים כי לעתים גם הועסק בדיווח על צרפתים ש"אינם נאמנים" לאידיאולוגיה הנאצית ומשתפים פעולה עם המחתרת. ב-1943 הצטרף מיטראן למחתרת שלחמה בממשל, וב-1944 הצטרף לממשלת דה-גול הגולה, וכיהן כאחראי על נושא שבויי המלחמה.