הקריירה הפוליטית של לה-פן רצופה התבטאויות המחשידות אותו באנטישמיות. ב-1988 התייחס באופן הומוריסטי לתנורי המשרפות במחנות הריכוז. פורסמו התבטאויות שלו על כך שהתקשורת הצפרתית "שורצת יהודים". ב-1998 שלל הפרלמנט האירופי מלה-פן את חסינותו כשטען כי השואה היתה "רק הערת שוליים בהיסטוריה של מלחמת העולם השנייה". ב-1998 גם נקנס בקנס כבד ובשנתיים של שלילת אפשרות להתמודד על מקום בפרלמנט לאחר שתקף יריב במהלך קמפיין בחירות. אולם ערעורו בעניין התקבל, וביוני 1999 התקבל לפרלמנט האירופי.