בינואר 1997 מונה ענאן למזכ"ל האו"ם, והיה המזכ"ל הראשון שמונה משורות הארגון. עם מינויו הציג את תוכנית הרפורמה "חידוש האו"ם", שליישומה הוא פועל, שמטרתה לשפר את תהליכי העבודה בארגון. ענאן נחשב לאידיאליסט, השואף להפוך את האו"ם לגורם מרכזי בהסדרת היחסים הבינלאומיים בעולם המאה ה-21.