ב-1989 נבחר היידר למושל קרינת'יה. אולם ביוני 1991 נאלץ להתפטר לאחר שהצהיר בפרלמנט כי הרייך השלישי הנהיג "מדיניות תעסוקה נכונה".
כעבור חמש שנים צולם נואם בפני קציני אס.אס ומברך אותם כ"אנשים הגונים" ו"מודל התנהגות לנוער בימינו". הוא טען כי יחידות האס.אס היו "חלק מהצבא הגרמני ולכן ראויות לתהילה וכבוד". ב-1995, לאחר שצולם מתרועע עם קציני אס.אס לשעבר, נפתחה נגדו חקירה פלילית בגין עבירה על החוק האוסר קידום רעיונות נאציים. התיק נסגר על ידי משרד המשפטים עקב מחסור בראיות.
במקרה אחר תיאר את מחנות הריכוז כ"מחנות ענישה" והשווה את גירוש היהודים מגרמניה הנאצית לגירוש הגרמנים מחבל הסודטים הצ'כי לאחר מלחמת העולם השניה.
כאשר הוצע כי אוסטריה תפצה אזרחים אוסטרים שנפגעו בזמן המלחמה מהשלטון הנאצי, כיהודים, קומוניסטים והמוסקסואלים, היידר התעקש כי יש לכלול בהצעה גם פיצוי לאוסטרים שנפגעו מצבאות בעלות הברית. אולם כאשר ההצעה - ללא התיקון של היידר - אושרה בפרלמנט הצביע בעדה ואמר כי "גם אני רוצה למחוק פרק זה בהיסטוריה שהיינו אחראים לו".
היידר נקט מספר צעדים לשיפור תדמיתו: ב-1994 ביקר במוזיאון השואה בוושינגטון ואמר לאחר הביקור כי "יש לפעול למען הסובלנות".
ב-1996 מינה את פיטר סיצ'רובסקי, יהודי אוסטרי, כמספר 2 ברשימת המפלגה לפרלמנט האירופי. הקהילה היהודית באוסטריה גינתה את סיצ'רובסקי על הצטרפותו למפלגת החופש וכינתה אותו "בוגד". היידר וסיצ'רובסקי הגדירו את ההתתקפות עליהם כ"אנטישמיות".
זמן קצר לאחר התפטרותו ממשרת מושל קרינת'יה, ב-1992, נבחר שוב לתפקיד, ונבחר לקדנציה שוב ב-1999 בפעם הזו זכה ל-42 אחוזים מהקולות.