יצחק כהן כיהן כחבר מועצת העיר אשקלון. הוא חבר ש"ס, וריכז את רשת מעיין החינוך התורני של התנועה. מ-1996 מכהן כחבר כנסת מטם ש"ס. ב-1999 מונה לשר הדתות, אך פרש מתפקידו ב-2000 כאשר ש"ס פרשה מממשלת ברק.
במאי 2001 מונה לסגן שר האוצר.
כהן נשוי ואב לעשרה.